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辦公室主要職能：負責機關(guān)日常運轉(zhuǎn)，承擔安全、保密、信訪、政務(wù)公開和國際合作交流等工作。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。
規(guī)劃財務(wù)和法規(guī)司主要職能：組織擬訂醫(yī)療保障工作規(guī)劃。承擔機關(guān)和直屬單位預(yù)決算等工作，推進醫(yī)療保障信息化建設(shè)。組織起草法律法規(guī)草案、規(guī)章和標準，承擔規(guī)范性文件的合法性審核工作，承擔行政復(fù)議、行政應(yīng)訴等工作。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。
待遇保障司主要職能：擬訂醫(yī)療保障籌資和待遇政策，統(tǒng)籌城鄉(xiāng)醫(yī)療保障待遇標準。統(tǒng)籌推進多層次醫(yī)療保障體系建設(shè)。建立健全醫(yī)療保障關(guān)系轉(zhuǎn)移接續(xù)制度。組織擬訂長期護理保險制度改革方案并組織實施。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。
醫(yī)藥服務(wù)管理司主要職能：擬訂醫(yī)保目錄和支付標準，建立動態(tài)調(diào)整機制，制定醫(yī)保目錄準入談判規(guī)則并組織實施。擬訂定點醫(yī)藥機構(gòu)醫(yī)保協(xié)議和支付管理、異地就醫(yī)管理辦法和結(jié)算政策。組織推進醫(yī)保支付方式改革。組織開展藥品、醫(yī)用耗材、醫(yī)療技術(shù)的經(jīng)濟性評價。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。
醫(yī)藥價格和招標采購司主要職能：擬訂藥品、醫(yī)用耗材價格和醫(yī)療服務(wù)項目、醫(yī)療服務(wù)設(shè)施收費等政策并組織實施，建立價格信息監(jiān)測和發(fā)布制度。擬訂藥品、醫(yī)用耗材的招標采購、配送及結(jié)算管理政策并監(jiān)督實施，推進招標采購平臺建設(shè)。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。
基金監(jiān)管司主要職能：擬訂醫(yī)療保障基金監(jiān)督管理辦法并組織實施。建立健全醫(yī)療保障基金安全防控機制，建立健全醫(yī)療保障信用評價體系和信息披露制度。監(jiān)督管理納入醫(yī)保支付范圍的醫(yī)療服務(wù)行為和醫(yī)療費用，規(guī)范醫(yī)保經(jīng)辦業(yè)務(wù)，依法查處醫(yī)療保障領(lǐng)域違法違規(guī)行為。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。
機關(guān)黨委（人事司）主要職能：負責機關(guān)和在京直屬單位的黨群工作。承擔機關(guān)和直屬單位的人事管理、機構(gòu)編制、教育培訓(xùn)、隊伍建設(shè)等工作。承擔局黨組、局領(lǐng)導(dǎo)交辦的其他事項。